耶氏肺孢子菌肺炎的臨床表現(xiàn)在非HIV患者中，PCJ感染呈一種暴發(fā)性的發(fā)病過程，表現(xiàn)為突然出現(xiàn)的發(fā)熱、咳嗽及呼吸困難。臨床癥狀通常發(fā)生在患者使用的腎上腺皮質激素正在減量的過程中，這可能與對已存在的該微生物所引起的炎癥反應的抑制作用減弱有關。在HIV陽性患者，臨床癥狀的出現(xiàn)通常比較緩慢，經歷數(shù)周到數(shù)月逐漸呈現(xiàn)各種癥狀?；颊呖捎锌人?、發(fā)熱及呼吸困難，但由于HIV陽性和HIV陰性患者的病程非常不同，以至于從臨床上來看，兩者像是發(fā)生了兩種完全不同的疾病。耶氏肺孢子菌肺炎的病程/預后/并發(fā)癥PCJ肺炎是一種嚴重疾病，具有很高的死亡率。對于HIV陽性且因PCJ肺炎需要機械通氣的患者，具有高達60%的死亡率—如此高的死亡率足以引起臨床醫(yī)生的極大重視，而且需要給予患者一段時間的加強護理。從該病中存活下來的HIV陽性患者可能會遺留肺不張及其他結構性的肺損害。因PCJ肺炎接受治療的患者，無論HIV陽性和HIV陰性，需要同時使用大量的藥物聯(lián)合治療，這樣可能導致在維持藥物及抗感染藥物之間發(fā)生相互作用。